Türkiye Cumhuriyeti'nin kuruluş yıllarında Anadolu'nun çeşitli bölgelerinde yaptığı yargılamalarla çok sayıda idam cezası veren İstiklal Mahkemeleri, kararlarıyla tartışma konusu oldu. Özellikle, mahkeme heyetinin hukuk alt yapısı olmayan, dönemin asker kökenli milletvekillerinden oluşması ve 'hiçbir kanuna bağlı kalmadan tamamen kendi vicdani kanaatleri ile' karar vermeleri vicdanları yaraladı. Mahkemelerin kurulduğu bölgelerde bazı sözü geçenlerin muhalif ve sorun yaşadığı kişileri saf dışı bırakmak için hakimleri yönlendirdiği de iddialar arasında yer aldı.

Dönemin yönetimi tarafından büyük zulümler içerisindeki şapka kanunun uygulandığı zaman diliminde, batı özentisi veya batı taklitçiliği karşısında dik duran ve durmayı iyi bilen İskilipli Atıf Hoca, her türlü zorbalığa rağmen dini İslami Mübin için kendi canını hiçe sayarak adeta idam sehpasında cellâtlarına gülümseyerek şahadete ermiştir. 

Atıf Hoca, 31 Mart olayından bir hafta önce yazdığı bir yazı nedeniyle tutuklanır. Fakat mahkeme suçsuz bulur ve serbest bırakır. İttihatçılar, Atıf Hoca'ya devlet dairesinde görev vermeyerek onu eğitimle iştigal etmesinden uzak tutmak istediler. Atıf Hoca medreselerde fahri olarak ders vermeye İttihatçılara karşı İttihad-i Muhammed-i içerisinde yer alır. Mebus seçilmesi ittihatçılar tarafından engellenir. Mahmut şevket Paşa'nın öldürülmesinde rolü olduğu gerekçesiyle İttihatçılar tarafından suçlanarak Divan-ı Harb'te yargılanır, suçlu bulunarak önce Sinop'a daha sonra Çorum-Sungurlu sonra da Boğazlayan'a sürgüne gönderilir. Sürgünde halka vaaz vermesi ve talebelere ders vermesi yasaklanır.

1,5 yıllık sürgün cezası sona erdikten sonra İstanbul'a gelir. Ebulula Mardin Huzur dersleri adlı eserinde suçsuzluğunun anlaşılmasına rağmen hiçbir görev verilmediğini söyler. Hayatı bu derece zorlu geçen Atıf Hoca, ülkede yeni başlayan kötü yapılanmanın bozukluğu ve Müslümanların şaşkın ve cahil kaldığı bir ortam içinde bu konuda üzerine düşen görev bilinci gereği, Müslümanları bu tehlike karşısında uyarmak ve aydınlatmak için Atıf Hoca 1924'te “Frenk Mukallitliği ve Şapka” isimli bir kitap yazar. Aradan geçen 1,5 yıl sonra yürürlüğe giren yeni kanun maddesi ise şapka kanunu idi, ne tezattır ki halkın savaş ile ülkeden kovdukları İtalyanlardan daha sonra 3 gemi dolusu şapka satın alınır ve bu şapkayı giymeyi de zorunlu kılan kanunlar yapılmıştı. Bu duruma halk ve ulemadan büyük tepki gelmesine rağmen bu karardan geri dönülmüyor ve uygulama kanlı bir şekilde devam ediyordu. Zaten bu uygulama içinde bazı kurbanlar verilecekti ve bu daha öncede dile getirilmişti Mustafa Kemal tarafından.

Atıf Hoca'nın mahkemede konuşması zaten tarih için meşhur olmuş bir vakadır. Hoca, sakin ve vakur (ağırbaşlı) bir tavırla: “Evet efendim. Şapka Kanunu çıkmadan iki sene önce, şapkanın bir Müslüman kisvesi (giysisi) olmadığına dair bir risale yazmıştım” dedi. Kel Ali, “Şimdi ne yapıyorsun?” diye sordu. Hoca, “Kanunlara itaat ediyorum” cevabını verdi. Bunun üzerine Kel Ali hiddetle bağırarak, “Sen bilmiyor musun ki şapka da bezdir, fes de bezdir?” deyince hoca sükûnetle, “Evet biliyorum, ancak hey'et-i hakimin (hakim heyetinin) arkasındaki bayrak da bezdir, lütfen o bezi kaldırınız da yerine bir İngiliz bayrağı asınız” karşılığını verdi.

Ve Atıf Hoca idam edilerek şehit edilir. Atıf Hoca'nın şahadeti ile uyanış gösteren halk, karanlık zaman içinde yol gösteren bir kandil olan Atıf Hoca'yı, kendisine aydınlatıcı kandil olarak görür ve onun izinde yol sürür ve rejim bu aydınlanmayı bastırmak için Atıf Hoca'yı örnek alan herkesi idam ettirir.